El servicio del transporte marítimo y fluvial está regulado por un Código Internacional de Gestión de la Seguridad (Código IGS), el cual establece directrices sobre la gestión naviera para la seguridad operacional del buque y la prevención de la contaminación. Paraguay es signatario de este código, y MERCOPAR, al ser una compañía naviera con bandera paraguaya, está comprometida a cumplir con este código.

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